教育學研究所係於我國師資培育多元化之後，位於南部地區成立之教育學研究所，於1996年8月1日奉教育部核定成立碩士班，首任所長黃光雄教授，在其精心規劃下，教育環境、研究設施、課程設計及師資專長領域等各方面，均以達成培植教育學術專業人才為目標。

自1998年2月1日起由王如哲所長接任第二棒，積極辦理推廣服務，提供雲嘉區域各級學校教師參與進修機會，並獲准成立博士班及碩士在職專班。

第3任林明地所長於2001年2月1日起接任，其致力於圖書期刊之蒐集，作為提升教學研究之資源，在2001年起連續三年獲教育部顧問室補助設置教育資料中心，廣泛蒐集重要之教育圖書與核心期刊。

第4任所長李奉儒教授於2007年2月1日起接任，除在既有規模之上繼續發展，如獲得國科會自2008年12月起補助3年897萬元的圖書採購經費，更期許帶領全體師生朝國際化邁進，如積極辦理國際學術研討會--「重新省思教育不均等—弱勢者的教育」國際學術研討會、亞洲比較教育高階論壇等，同時努力與國外知名大學簽訂「合作辦理跨國雙聯學制」協議書。

第5任所長朱啟華教授自2013年2月1日起接任，其秉持著扎根本土與邁向國際的信念，致力於鼓勵學生參加國家考試以及在教學中運用理論與實務的結合，讓學生能更運用所學於其工作上，也積極地引導研究生接觸國外學者並尋求國外大學提供獎學金、考取教育部公費留學考試與留學獎學金、通過科技部千里馬或三明治專案以及教育部補助博士生出國參加學術會議。另外，本所於2014年8月1日起，與課程所進行整併，以強化學生在研究上的能量，期盼學生未來在教育學界上有更進一步的優越表現。

現任所長鄭勝耀教授則於2019年2月1日起接任，除一方面在學術研究與社會服務上持續串接，如透過積極參與12年國民基本教育課程綱要的相關研修工作、課綱審查與前導學校推廣計畫外，另積極投入國際教育2.0的教師專業發展計畫與教育部閱讀推廣計畫，並與中國信託慈善基金會及台中市義愛文化協會合作弱勢學生與補救教學相關計畫，充分發揮大學的社會責任；而在學生與教學方面，則希望結合教育研究、現場教學與教育行政等生涯規劃，協助畢業生能在教育理論與教育實務上都能扮演重要的角色!